Garantir o cumprimento das regulamentações do setor e mediar o interesse dos usuários e das empresas de navegação, para que não haja uma infração contra a economia, estão entre as atribuições da Agência Nacional de Transportes Aquaviários (Antaq). Criada em 2001, a entidade também é responsável por implementar as políticas públicas, formuladas pelo Ministério dos Transportes, Portos e Aviação Civil (MTPAC) e pelo Conselho Nacional de Integração de Políticas de Transporte (Conit).

Com o novo marco regulatório portuário, as fiscalizações dos arrendamentos e dos operadores portuários e a coordenação das novas licitações para exploração de áreas e terminais passaram a ser de responsabilidade da agência reguladora. Antes, essa atividade era realizada pelas autoridades portuárias. No caso de Santos, era uma atuação da Companhia Docas do Estado de São Paulo (Codesp).

A Antaq atua nas navegações fluvial, lacustre, de travessia, de apoio marítimo, de apoio portuário, de cabotagem e de longo curso. Também supervisiona os portos organizados, os terminais portuários privativos (TUP) e o transporte aquaviário de cargas especiais e perigosas.

E ainda é responsável por promover estudos e pesquisas no setor sobre tarifas, preços e fretes (em confronto com os custos e os benefícios econômicos transferidos aos usuários pelos investimentos realizados) e fomentar análises referentes à composição da frota mercante do Brasil e ao fretamento de embarcações estrangeiras. Internacionalmente, a entidade também deve representar o Brasil em eventos destinados ao setor.

Desde 2014, a Antaq conta com um posto portuário em Santos. O escritório funciona no prédio do Tráfego da Codesp, no Paquetá, ao lado do Armazém 12-A.

A Antaq tem personalidade jurídica de direito público, independência administrativa, autonomia financeira e funcional e mandato fixo de seus dirigentes. Mas deve observar os direitos específicos do Comando da Marinha (Ministério da Defesa), atuando sob sua orientação em assuntos de Marinha Mercante que interessarem à defesa nacional e à segurança da navegação.